在参议院占多数派的共和党之所以反对核禁试条约，其理由有二：一是共和党认为，核禁试条约本身存在缺陷，缺少执行条约的机制，无法保证进行有效核查。二是美国仍需要进行核试验，签署条约将会削弱美国确保核武器可靠性与安全性的能力，影响美国的核威慑政策。此间舆论界普遍认为，参院否决该条约的真正原因并不是条约本身的内容，而是由于党派斗争以及共和党内部“新孤立主义”抬头的结果。占参院多数的55名共和党议员几乎全部投了反对票，而45名民主党议员中44人投了赞成票，阵线之鲜明足以说明这是一场党派之争。
防止核武器扩散是美国重要的安全政策之一，参院否决核禁试条约将影响美国在推行这一政策方面的能力，将对国际裁军和核禁进程产生直接的影响。印巴进行核试验之后，美国一直担心南亚会出现核竞赛，因此极力敦促两国保持克制。如今，美国否决了核禁试条约，要说服印巴签署核禁试条约、承诺停止核试验将更加困难。
美国是迄今第一个拒绝批准核禁试条约的签约国家，条约生效进程也势必受到阻碍。美国拥有世界最先进的核武器技术，保持着当今世界最强大的核武库，但参院却拒绝承诺停止核试验，这必然引起其他国家的担忧和警惕。如此一来，有核国家批准条约的压力减少，无核国家更有理由进行核试验，更不会轻易加入条约。
值得注意的是，美国参院否决核禁试条约并不表明该条约在美国彻底“死亡”，克林顿发誓将继续努力争取参院批准条约，使其早日生效。
